Olá Sérgio,
Sim, o standard pega o que está na região do cadastro para formar o XML. Se o padrão do cliente é usar a região do país estrangeiro no cadastro, você precisará testar se o cliente/fornecedor/transportadora tem país diferente de BR e trocar a regiao para EX.
Isso você pode fazer na BAdI CL_NFE_PRINT, no método FILL_HEADER, alterando o campo OUT_HEADER-T1_UF, por exemplo.
Se estiver usando a BAdI nova, não consigo te dar exemplo pois nos clientes que tenho acesso não usamos a BAdi (daí pode dar uma procurada nas estruturas para ver qual campo tem a região que você precisa tratar).
Recomendo usar a parametrização da tabela J_1BNFE_CUST3 e ler de lá o valor para parceiros do exterior - pode ser que o standard esteja tratando isso, mas não encontrei, ao menos para transportadora.
abs,
Eduardo Hartmann